【Nature子刊】MM CAR-T后CAPP-Seq检测ctDNA可预测反应和耐药

CAPP-seq

多发性骨髓瘤（MM）目前无法治愈，患者通常会经历复发，且后续疗效逐渐减弱。MM的疾病生物学在治疗过程中会发生显著变化，包括遗传突变、拷贝数变异和表观遗传修饰，给临床监测带来挑战。

CAR-T细胞疗法在对传统治疗反应不佳的患者中显示出巨大潜力，但几乎所有患者最终都会复发，且缺乏预测临床预后的生物标志物和对耐药机制的了解。目前评估基因组异常和微小残留病（MRD）主要依赖于骨髓穿刺，这种侵入性操作频率受限且实用性有限。因此，需要改进工具以克服空间异质性并监测疾病。

因此研究团队开发了一种名为CAPP-Seq的超灵敏杂交捕获方法用于检测MM中的ctDNA，可表征肿瘤基因组学，监测治疗反应，并检测MM的早期复发，研究结果近日发表于《Nature Communications》。事实上，ctDNA在淋巴瘤的探索要更早一些。

研究结果

研究共对64例接受BCMA CAR-T治疗患者的412个样本进行测序，包括新诊断MM患者、初治单克隆丙种球蛋白病（MGUS）患者、初治冒烟型骨髓瘤（SMM）患者以及复发/难治性MM（RRMM）患者。使用CAPP-Seq技术对样本进行深度测序，检测单核苷酸变异（SNV）和拷贝数变异（CNA）。在36例患者中，同时监测CAR特异性无细胞DNA（CAR-cfDNA）和ctDNA水平。研究还比较了CAPP-Seq与现有二代测序（NGS）检测方法（HemeSTAMP）在检测SNV方面的性能。

ctDNA检测和基因组特征：与实体瘤相比，MM患者的ctDNA中单核苷酸变异（SNV）数量更多，表明ctDNA在MM中是一个可行的分析物。研究还发现，与仅关注编码基因的方法相比，CAPP-Seq能够检测到更多的突变，从而提高了MRD检测的灵敏度。

ctDNA与临床生物标志物的相关性：，ctDNA水平与MM患者的疾病负担和不良风险因素相关，包括与M蛋白峰值和游离轻链差异（dFLC）的显著相关性。

ctDNA动态监测治疗反应：治疗后28天（D28）的ctDNA水平变化与最佳治疗反应相关，≥部分缓解（PR）的患者与反应较差的患者相比，ctDNA的对数变化更大。

ctDNA水平预测CAR-T细胞治疗后的进展时间（TTP）：在接受BCMA CAR-T细胞治疗的患者中，研究发现ctDNA水平与至进展时间（TTP）呈负相关，且ctDNA-MRD阴性与更长的TTP相关。

ctDNA与临床骨髓MRD的一致性：研究还发现，通过外周血ctDNA检测的MRD与临床骨髓MRD一致，并且ctDNA-MRD可以早期预测临床复发。

CAR-cfDNA水平与流式细胞术计数的相关性：研究还设计了检测CAR-cfDNA的方法，并发现其水平与流式细胞术计数的CAR-T细胞水平显著相关。

治疗耐药机制的检测：在BCMA-CAR治疗后复发的患者中，研究观察到ctDNA中出现新的遗传改变，包括SNV和CNA。特别值得注意的是，部分患者出现了TNFRSF17（BCMA）的拷贝数丢失，这可能是治疗耐药的机制之一。

预后标志物的探索：治疗前的某些CNA（如BRAF、MYC扩增，FAM46C、CDKN2C缺失）与BCMA-CAR-T治疗的不良预后相关。

总结

ctDNA是一种有前景的非侵入性生物标志物，可用于MM的分子表征、疾病监测、治疗反应评估以及治疗耐药机制的检测。

CAPP-Seq方法能够检测到更多突变，提高了MRD检测的灵敏度，并且与临床骨髓MRD检测结果一致。

ctDNA水平的变化可以预测治疗反应和进展时间，为个性化治疗提供了潜在的指导。

CAR-cfDNA的检测为同时监测CAR-T细胞的扩增和治疗反应提供了可能。

ctDNA检测到的耐药相关遗传改变可能有助于早期发现复发和揭示耐药机制。

该研究为MM的临床管理提供了一种新的非侵入性工具，通过ctDNA分析实现个性化治疗，并可能改善MM患者的治疗结果。

参考文献

Hosoya, H., Carleton, M., Tanaka, K. et al. Deciphering response dynamics and treatment resistance from circulating tumor DNA after CAR T-cells in multiple myeloma. Nat Commun 16, 1824 (2025). https://doi.org/10.1038/s41467-025-56486-6